Маловероятно, что msysgit заменил вкладки пробелами, скорее всего, в настройках вашего редактора.
Вы должны настроить свой редактор таким образом, чтобы вы следовали установленным соглашениям проекта, с которым вы работаете.
Однако, если рассматриваемый файл не был Makefile, я считаю, что настройки вашего редактора верны. :)