Вы не можете сделать это в javascript, это точно. Если вы находитесь в среде UNIX, вы можете проверить документацию об этом.
Я не думаю, что есть какой-либо УВЕРЕННЫЙ способ проверить это. Обычно проверка расширения файла в порядке. Кроме того, вы сказали, что получаете CSV, не могли бы вы попытаться разобрать их? Если это не удается, то либо документ не в правильном формате, либо это не CSV.
В любом случае, убедитесь, что вы храните свои файлы в каталоге, который не имеет права доступа на выполнение.