Это может помочь.Для этого можно использовать аргумент comparisons
.
ggplot(dta, aes(x, value)) +
geom_boxplot() +
stat_compare_means(comparisons = list(1:2, 2:3, c(1, 3), c(1, 2, 3)))
РЕДАКТИРОВАТЬ: для ANOVA
ggplot(dta, aes(x, value)) +
geom_boxplot() +
stat_compare_means(method = "anova", label.y = 4.8,
data = dta %>% filter(x != "gr4"))