Сделайте так, чтобы функция UpSet отображала числа над столбиками - PullRequest
Новая
       16

Сделайте так, чтобы функция UpSet отображала числа над столбиками

0 голосов
/ 01 марта 2019

Я использую пакет ComplexHeatmap для представления пересечения между различными GRanges.Виньетка имеет хороший пример для ее построения: 

library(circlize)
library(ComplexHeatmap)
library(GenomicRanges)
lt2 = lapply(1:4, function(i) generateRandomBed())
lt2 = lapply(lt2, function(df) GRanges(seqnames = df[, 1], 
    ranges = IRanges(df[, 2], df[, 3])))
names(lt2) = letters[1:4]
m = make_comb_mat(lt2)
UpSet(m)

enter image description here

Это очень удобно.Однако функция UpSet не отображает числа пересечений над каждым столбцом, такие как сестринская функция upset в пакете UpSetR: 

library('UpSetR')
movies <- read.csv( system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), 
                    header=T, sep=";" )

require(ggplot2); require(plyr); require(gridExtra); require(grid);

upset(movies, 
      sets = c("Action", "Comedy", "Drama"), 
      order.by="degree", matrix.color="blue", point.size=5,
      sets.bar.color=c("maroon","blue","orange"))

enter image description here

Функция upset не разрешает объект m.Таким образом, я полагаю, мне нужно использовать UpSet в моем случае.Однако, может ли кто-нибудь помочь мне получить номер корреспондента над решеткой?Я не мог найти параметр, чтобы легко построить его или даже как его определяют внутренние функции.Буду благодарен за любую помощь.

...