Я не могу понять, "преобразовать" ли JAR в пакетный файл.Между ними нет автоматического преобразования.
Если вы хотите запустить файл JAR только из пакетного файла, вы можете
path\to\particular\jre\java -jar path\to\archive.jar
Оттуда вы можете создать запланированное задание (ЗадачаПланировщик), который вызывает пакетный файл по любым критериям.IDK, если Windows действительно может включить компьютер в для запуска задачи, но если она уже запущена, вы, безусловно, можете запустить скрипт независимо от того, вошли вы в систему или нет.