На самом деле в Express нет правильного (стандартного) решения, в то время как ruby на рельсах, например, стандартно использует шаблон mvc, поскольку express обеспечивает большую гибкость.
Ваше решение выглядит хорошо, но если вы сосредоточены надальнейшее разделение,
Я предлагаю вам создать папку config
и управлять информацией БД внутри этого файла.
Внутри папки конфигурации, убедитесь, что она отделена для производства или разработки.
Вы также можете использовать dotenv
в папке конфигурации для более безопасного импорта значений env.