похоже, что и узлы, и ребра нарисованы после (x) меток и поэтому иногда скрывают их.- можно ли рисовать метки после всего остального, чтобы они всегда были сверху?
edit:
outputorder="edgesfirst" помогает, по крайней мере, с краями, но xlabels узла все еще иногда скрыты другими узлами.
edit 2:
мой обходной путь на данный момент: используйтеsvg в качестве выходного формата.переместить все теги <text> в конец файла.преобразовать в pdf.