Это точка перефакторинга, она меняет все в вашем проекте, чтобы соответствовать вашим новым изменениям. Если вы не хотите, чтобы файлы динамически обновлялись при перефакторинге, я предлагаю вам удалить их из своего проекта. Это позволит вам продолжать использовать функцию перефакторинга, не портя файлы, которые вы не хотите изменять.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Кроме того, вы можете проверить это из это на книгах Google и немного говорит о рефакторинге NetBeans.