Вы сталкиваетесь с проблемами с абсолютным и относительным путями.
Ваш первый вариант - абсолютный путь.Это означает, что вы всегда будете получать файл в определенном месте на компьютере, но если это место не существует, вы не сможете его найти
Ваш второй вариант использует относительный путь, который будет искать файл на основе начальногорасположение вашей программы, чтобы exe-файл мог запускаться из другого места, отличного от командной строки, из которой вы строите Java.
Решение состоит в том, чтобы использовать относительные пути и убедиться, что файл Joblist.txt всегда находится в одном месте относительнок месту выполнения.
Если вы хотите узнать, где находится начальный путь вашей программы, вы можете запустить следующий код:
System.out.println(new File(".").getAbsolutePath())