Связывание венских РНК-библиотек LTO - PullRequest
Новая
       88

Связывание венских РНК-библиотек LTO

0 голосов
/ 01 марта 2019

Я пытаюсь связать библиотеки, которые я загружаю из Венской РНК, чтобы я мог использовать алгоритмы в моем коде c 

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <ViennaRNA/fold.h>
#include <ViennaRNA/mfe.h>
int main(){
/* The RNA sequence */
char  *seq = "GAGUAGUGGAACCAGGCUAUGUUUGUGACUCGCAGACUAACA";
/* allocate memory for MFE structure (length + 1) */
char  *structure;
/* predict Minmum Free Energy and corresponding secondary structure */
float mfe = vrna_fold(seq, structure);
/* print sequence, structure and MFE */
printf("%s\n%s [ %6.2f ]\n", seq, structure, mfe);
return 0;
}

gcc дает мне: 

undefined reference to `vrna_fold'

Этодокументация для vrna_fold vrna_fold .Я следовал конфигурациям из Венской РНК , которые мне сказали запустить: 

pkg-config --cflags RNAlib2
pkg-config --libs RNAlib2

К которой я получил 

-I/usr/include
-lRNA -fopenmp -lgsl -lgslcblas

соответственно;Затем я побежал 

gcc q5.c -I/usr/include -lRNA -fopenmp -lgsl -lgslcblas

и получил 

lto1: fatal error: bytecode stream generated with LTO version 4.1 instead       of the expected 4.2
compilation terminated.
lto-wrapper: fatal error: gcc returned 1 exit status
compilation terminated.
/usr/bin/ld: error: lto-wrapper failed
collect2: error: ld returned 1 exit status
...