Я не совсем уверен, что вы спрашиваете, но, надеюсь, один из них выполнит эту работу.
---
title: "Test"
author: "Test"
date: "Today"
output:
pdf_document:
toc: true
number_sections: true
---
# First
Number and title appear in TOC.
# Second {-}
Title appears in TOC.
\section*{Third}
Nothing appears in TOC.