Существует другая альтернатива: вы можете создать вторую БД, давайте назовем NonBCKDB и переместим таблицы, которые вам не нужны, из MainDB в NonBCKDB.Затем вы можете создать синонимы для таблиц MainDB и NonBCKDB:
CREATE SYNONYM tbl1 FOR NonBCKDB.dbo.tbl1;
Очевидно, что вы будете выполнять только резервное копирование MainDB.