Неопределенный символ для HDF5 при установке с помощью cmake в среде Linux

Question

Мне удалось установить и запустить программу с CMake (с HDF5), но как только я получаю доступ к раскрывающейся ссылке "about" для указанной программы, она вылетает со следующей ошибкой:

python: symbol lookup error: /nobackup/<user id>/program-devel/dist_linux/bin_linux/libprogramDLL.so: undefined symbol: h5lib_MP_h5get_libversion_f_

Я полагаю, что это проблема со связыванием статических библиотек, но я, к сожалению, довольно новичок в CMake и не могу выделить корневую проблему.Я знаю, что этот «символ» как-то привязан к libhdf5_fortran.a, и он указан в моем кеше с помощью:

   $ grep -rnw '/nobackup/<user id>/program-devel/build' -e "libhdf5_fortran"
/nobackup/<user id>/program-devel/build/CMakeCache.txt:234:ToolkitLib_LIB_DEPENDS:STATIC=general;SomeLib;general;libz.a;general;libhdf5.a;general;libhdf5_fortran.a;

Я не уверен, может ли это быть там, где проблема или нет, но этоиз файла ToolKit - CMakeLists.txt.

if (${USE_HDF5})
      #link_directories (${HDF5_DIRECTORY}/lib)
      if (WIN32)
          target_link_libraries(ToolkitLib libszip libzlib libhdf5 libhdf5_f90cstub libhdf5_fortran)
      else ()

            # doesn't seem to work on Linux for some reason....
          #target_link_libraries(ToolkitLib libsz libz libhdf5 libhdf5_fortran)

          # ... try this ... seems to be getting the shared libs...not the static ones...
          # set(HDF5_LINK_FLAGS "-L${HDF5_DIRECTORY}/lib -lz -lhdf5_fortran -lhdf5")
          # SET(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS} ${HDF5_LINK_FLAGS}")
          # SET(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS} ${HDF5_LINK_FLAGS}")

            # ... doesn't work either ...
          target_link_libraries(ToolkitLib libz.a libhdf5.a libhdf5_fortran.a)

      endif()
endif()

Последние 4 элемента "target_link_library" находятся в каталогах, которые я добавил в свой LD_LIBRARY_PATH (хотя я слышал, что это не самый предпочтительный подход).Когда я выписываю gmake install, у меня также есть заключительная строка вывода:

    -- Set runtime path of "/nobackup/<user id>/program-devel/dist_linux/bin_linux/libProgramDLL.so" to "$ORIGIN/"

Answer 1

Кажется, я исправил свою проблему, добавив --with-pic в сценарии установки bash hdf5.Мне также пришлось удалить -standard-semantics из CMAKE_Fortran_FLAGS в каталоге src.Эти две вещи вместе с предоставленной вами помощью решили мою проблему.Большое спасибо Пьер де Буйль!