Распределения дистрибутивов сильно различаются по настройке и зависимостям, я бы порекомендовал вам создавать специальные пакеты для дистрибутивов и интегрировать их с инструментом обновления - в конце концов, он обычно избавляет вас от множества проблем.
Благодаря простоте виртуализации довольно просто раскрутить образ vmware / virtualbox для различных дистрибутивов, чтобы создать / протестировать упаковку для каждого из них