Лучший способ в приложении Eclipse - использовать фрагменты плагина. Стандартный проект eclipse (с dll) будет иметь несколько фрагментов для всех поддерживаемых платформ. Фрагменты будут активированы только в том случае, если целевые платформы (указаны в фильтре платформ).
Из документации затмения (поставляется со стандартной установкой затмения)
Фильтр платформы - это допустимая строка LDAP, которая должна быть установлена в true в работающей системе, чтобы плагин работал. Например, следующий фильтр указывает, что плагин предназначен для работы только на платформах с оконной системой win32: Eclipse-PlatformFilter: (ws = win32). Если пользователь пытается запустить Eclipse на платформе, которая не соответствует этому требованию, плагин будет автоматически игнорироваться средой выполнения.