Сначала проверьте учетную запись, используемую вашим менеджером / мастером Jenkins при запуске (и попытке подключиться к агентам через SSH)
Например, в Windows ваш менеджер Jenkins может использовать системную учетную запись.
Или в Linux, root.
В обоих случаях это будет означать, что настройки SSH, к которым успешно получен доступ с вашей обычной учетной записи, не будут доступны через эту специальную учетную запись времени выполнения.