Если вам нужно только передать данные в JSON, вам не нужно обрабатывать значения данных, просто переформатируйте их в массивы JSON.
Поскольку вы не знаете числострок во входном файле, проще использовать List <>, емкость которого увеличивается автоматически, для хранения данных, а не массива, размер которого вам нужно знать заранее.
Я взял ваш образецданные и повторили его несколько раз в текстовый файл и использовали эту программу:
{"myData": [[1, -88, 30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1,-88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1],[2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88, 30,1], [2, -89,30,1], [1, -88,30,1], [2, -89,30.1]]}
{"myData": [[1, -88,30.1],[2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88, 30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1], [1, -88,30.1], [2, -89,30.1]]}
Должно быть легко настроить формат в соответствии с требованиями.