Чтобы запустить Java из Bash, вам нужно сделать следующее
java -cp <classpath> com.package1.package2.MyClass
Если ваш вопрос заключается в том, почему при нажатии на вкладку Bash предлагает что-то вроде
java -cp <classpath> MyClass.class
Тогда это потому, чтоДля запуска Java необходимо указать полное имя класса , а не имя файла.И bash предлагает существующие имена файлов, он ничего не знает о классах Java и о том, как они отображаются в файлы.