Официального API для этого нет.
Глядя на org.eclipse.ui.internal.ide.dialogs.AutoSavePreferencePage, который имеет дело с этим предпочтением, значения сохраняются в настройках для плагина org.eclipse.ui.workbench.
Так что-то вроде:
IPreferenceStore prefs =
new ScopedPreferenceStore(InstanceScope.INSTANCE, "org.eclipse.ui.workbench");
prefs.setValue("SAVE_AUTOMATICALLY", true);
prefs.setValue("SAVE_AUTOMATICALLY_INTERVAL", interval (as a string));
org.eclipse.ui.internal.IPreferenceConstants содержит константы для ключей предпочтения, но поскольку это внутренний класс, его использовать не следует.
Примечание. Поскольку это не официальный API, он может измениться в любое время.