Если вам нужен только размер или другие свойства одного файла, вы можете использовать stat вместо du. (Возможно, для этого тоже есть встроенные функции PHP.) Опция -c позволяет вам настроить формат вывода. Вот размер в байтах.
stat -c %s myfile.txt
Если вы действительно хотите du (чтобы получить общий размер каталогов), вы можете использовать cut, чтобы изменить вывод.
du -sh -S mydir | cut -f1
Или просто захватите вывод в строку в PHP и удалите имя файла там.