Определение корня документа является частью конфигурации вашего веб-сервера.Например, конфигурация apache:
DocumentRoot /your/full/absolute/path/on/server
<Directory /your/full/absolute/path/on/server>
Пока вы сохраняете все файлы и папки вместе, вы можете перемещать magento в другой каталог и настраивать корневой каталог документа в конфигурации вашего веб-сервера и позволять ему указывать на ваш новыйподкаталог.Также подумайте об установке правильных разрешений в подпапке.
Я бы порекомендовал использовать SSH через FTP и сделать резервную копию раньше.Или используйте rsync для дублирования, чтобы в случае сбоя вы могли вернуться к исходной версии.