CSV-файлы имеют только один набор столбцов, указанный в начале файла.Таким образом, ваши фреймы данных также должны иметь общий набор столбцов.Если они это сделают, то CSV выглядит так, как я думаю, вы должны себе представить:
$ echo -e "a,b,c\n1,2,3" > a.csv
$ echo -e "a,b,c\n4,5,6" > b.csv
$ echo -e "a,b,c\n7,8,9" > c.csv
$ echo -e "a,b,c\n10,11,12" > d.csv
$ python3
>>> import pandas as pd
>>> df1 = pd.read_csv(r"a.csv")
>>> df1
a b c
0 1 2 3
>>> df2 = pd.read_csv(r"b.csv")
>>> df3 = pd.read_csv(r"c.csv")
>>> df4 = pd.read_csv(r"d.csv")
>>> finaldf = pd.concat([df1, df2, df3,df4])
>>> finaldf
a b c
0 1 2 3
0 4 5 6
0 7 8 9
0 10 11 12
>>> finaldf.to_csv("Compiled_Project.csv",encoding='utf-8',index=False)
>>> exit()
$ cat Compiled_Project.csv
a,b,c
1,2,3
4,5,6
7,8,9
10,11,12
Флаг index=false
объясняется тем, что вы, вероятно, не хотите, чтобы метки строк (все нули) были в каждомстроки.