Из того, что вы описали, я думаю, что-то вроде этого должно работать.Просто измените пути и имена.
import os
import shutil
files = [r"C:\Path\To\File1", r"C:\Path\To\File2"]
new_names = ["new_file1", "new_file2"]
def x(file, new_name):
program_path = r"C:\Path\To\Program"
save_path = r"C:\Path\To\Save"
new_path = r"C:\NewPath\To\Folder"
os.system("%s -argument %s" % (program_path, file))
shutil.move(save_path, new_path + '/' + new_name)
y = 0
for file_ in files:
x(file_, new_names[y])
y += 1
Постарайтесь рассказать, что вы уже сделали, чтобы получить лучший ответ.