KendoTree никогда ничего не делал для этой части.
Чтобы решить эту проблему, вы сохраните переменную выбранных значений и проверите список при выборе этого списка и, если он был выбран ранее.
public checkedKeysTemp: any [] = [];
<kendo-treeview [nodes]="childData" [children]="children" [hasChildren]="hasChildren" [disabledKeys]="disabledKeys" (checkedChange)="childCheckedChange($event)"
textField="text" [kendoTreeViewCheckable]="checkableChildSettings" kendoTreeViewDisable [(checkedKeys)]="checkedKeys"
[checkBy]="'table_rel_table_name'" [isChecked]="isChecked" kendoTreeViewExpandable>
</kendo-treeview>
в файле ts
childCheckedChange(event: any) {
...
}