Структура, которую вы предоставили, является почти правильной.
Index.js должен просто экспортировать модули lib, которые вы хотели бы сделать доступными для пользователей.
Единственное, чего не хватает, - это папки с тестами.Несмотря на это, я думаю, что все в порядке