Я сталкивался с этим раньше и думал, что некоторые правила страницы Cloudflare помогут
Правило 1 http://.domain.com/.well-known/acme-challenge/ => уровень кэша = стандартный
Правило 2 http://*.domain.com/ => Всегда использовать HTTPS
Кажется, это работало нормально для всех моих доменов, пока только сегодня один из них не смог правильно обновить certbot, поэтому я также заинтересован в чьих-либо еще комментариях.