Да, очевидно, вы можете, если запускаете фреймворк со свойством org.osgi.framework.bsnversion=multiple
.
Я никогда не пробовал использовать это, не знаю, сработает ли это.
Если вы хотите чтобы изолировать ClassLoaders, было бы лучше просто создать дочерний ClassLoader для каждого экземпляра.