Я запускаю модель netlogo в Linux через командные строки.
NetLogo\ 6.0.4/netlogo-headless.sh \
--model model_r_1.0.nlogo \
--experiment experiment_emd_one \
--table test1.csv
Для модели требуется расширение r в Netlogo.
В настоящее время у меня R 3.5.0 и Java JDK 1.8..0 загружен.И я указал виртуальную память 4 ГБ для использования JDK 1.8.0
qlogin -l h_vmem=4G
И я установил пакеты rJava , JavaGD и CommonJavaJars в R.
И я также изменил файл user.properties в каталоге расширений r в NetLogo 6.0.4, чтобы указать путь к библиотекам R и rJava.
Но я все еще получаю ошибки для запуска.Как показано здесь:
#
# A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment:
#
# SIGSEGV (0xb) at pc=0x00002b95b8d7f106, pid=5772, tid=47922117170944
#
# JRE version: Java(TM) SE Runtime Environment (8.0_74-b02) (build 1.8.0_74-b02)
# Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (25.74-b02 mixed mode linux-amd64 compressed oops)
# Problematic frame:
# C [libR.so+0x1ff106] Rf_installTrChar+0x6
#
# Failed to write core dump. Core dumps have been disabled. To enable core dumping, try "ulimit -c unlimited" before starting Java again
#
# An error report file with more information is saved as:
# /exports/eddie3_homes_local/s1518063/hs_err_pid5772.log
#
# If you would like to submit a bug report, please visit:
# http://bugreport.java.com/bugreport/crash.jsp
# The crash happened outside the Java Virtual Machine in native code.
# See problematic frame for where to report the bug.
#
NetLogo 6.0.4/netlogo-headless.sh: line 43: 5772 Aborted (core dumped) $JAVA "${JVM_OPTS[@]}" -Dnetlogo.extensions.dir="${BASE_DIR}/app/extensions" -classpath "$CLASSPATH" org.nlogo.headless.Main "${ARGS[@]}"
Любая идея будет высоко ценится!