Я нашел решение.Для свойств навигации, которые являются коллекцией, используйте Any () вместо where ():
var query = context.TableA.where(a => a.TableB_navProperties.Any(b => b.TbableC_navProperties.Any(c => c.prop=="testCondition")));
Это решение работает, но сгенерированный sql использует много « Существующий подзапрос », поэтому ядумаю, что это не очень эффективно.