Вы можете просто использовать uniq()
из List::MoreUtils
модуля, чтобы иметь один элемент в массиве, и лучше удалить дублированные элементы перед тем, как сделать их ключами в вашем хэше
что-то вроде этого.:
use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
use List::MoreUtils qw(uniq);
my %cathmin;
open (LIST, "<cath_min.txt") || die "[-] Can't open the file";
my @list = <LIST>; # load your array from your file
close LIST;
@list = uniq(@list); # remove duplicated items in array
foreach my $item (@list) {
chomp $item;
# here you can do what you want
}
print Dumper(\%cathmin); # check your hash contents