У меня есть данные спутниковой метки для черепах, которые дают мне 608 точек «присутствия», которые я сохранил как .csv.Я хотел бы сгенерировать данные псевдоизлучения с использованием пакета BIOMOD R, чтобы сгенерировать «случайный выбор любой доступной точки, находящейся на расстоянии не менее двух градусов от любой точки присутствия (метод« 2 ° далеко »)» (рекомендуется какнаиболее подходящий метод Барбет-Массин и др., 2012), а также сохранить их в .csv.Я следовал этим инструкциям , а также консультировался с руководством здесь .Ниже приведена моя адаптация кода
pseudo.abs(coor=mydata[,3:4], status=mydata[,5], strategy="squares", env=data[,4:16],
create.dataset= TRUE, distance=1, plot=F, species.name= "turtle",
acol= "grey80", pcol="red", add.pres=T)
. Я слегка озадачен аргументом coor, поскольку в инструкциях указано, что он должен быть 2 columns matrix giving the coordinates of the points (the presences recorded and the whole set of potential absences available)
Как создать «потенциальные пропуски»?До сих пор я придумал решение, приведенное ниже
obs.data <- read.csv(file = "data/mydata.csv")
library(sp)
# prepare the 3 components: coordinates, data, and proj4string
coords <- obs.data[ , c("Longitude", "Latitude")] # coordinates
data <- obs.data[ , 4:17] # data
crs <- CRS("+init=epsg:28992") # proj4string of coords
# make the spatial points data frame object
spdf <- SpatialPointsDataFrame(coords = coords,
data = obs.data,
proj4string = crs)
library(spatialEco)
potential_absences<-pseudo.absence(spdf, n=10000, window = "extent", Mask = NULL, s = NULL,
sigma = "likelihood", wts = NULL, KDE = FALSE, gradient = 1,
p = NULL, edge = FALSE)
Затем я просто
write.csv(potential_absences, "potential_absences.csv")
Затем я могу добавить 10000 точек «потенциального отсутствия» в CSV, который содержит мойданные присутствия, которые затем становятся 'mydata' для pseudo.abs в BIOMOD.
Моя проблема в том, что, хотя это работает, это кажется очень грязным.Я никогда не использовал данные псевдо-отсутствия, так что, я думаю, что-то упустил?