Да,
В разделе REMOTE
на левой стороне (где вы можете видеть исходные ветви),
наведите указатель мыши надпустой квадрат рядом с исходным значком, например:
И щелкните значок с зеленым глазом («Скрыть на графике»), чтобы скрыть удаленные ветви изначок изменится на:
Кстати, вы также можете скрывать и отображать каждую отдельную ветку (локальную и удаленную).