h5py: как переименовать размеры? - PullRequest
Новая
       11

h5py: как переименовать размеры?

0 голосов
/ 25 октября 2018

Я создал новый файл с дескриптором fw. 

fw.create_dataset('grp1/varname',data=arr)

Группы создаются перед этой командой.arr - массив с размерами (2,3).Файл успешно создан.Однако размеры называются phony_0 и phony_1.Как мне поменять их на m и n?

В общем, как создать измерения в группе, а затем связать с ними переменные?

Я пробовал, 

fw['grp1/varname'].dims[0].label = 'm'

Но это не дает желаемого эффекта.

ncdump -h на созданном файле показывает: 

group: grp1 {

        dimensions:
                phony_dim_0 = 2 ;
                phony_dim_1 = 3 ;

        variables:

                float varname(phony_dim_0, phony_dim_1) ;
                        string varname:DIMENSION_LABELS = "m", NIL, NIL ;
        } // group grp1

Спасибо

print ([dim.label for dimв fw ['grp1 / varname']. dims]) выдает согласованный вывод.[u'm ', u' ']

Кажется, что у hdffiles нет возможности связывать измерения с группами.Однако varname является переменной.Как получить: 

   variables:
            float varname(m, phony_dim_1) ;
                    string varname:DIMENSION_LABELS = "m", NIL ;
    } // group grp1

на выходе ncdump -h или h5dump?Я пробовал разные варианты с h5dump.

Спасибо.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 25 октября 2018

Частично проблема может заключаться в использовании вами ncdump.

. Я могу создать простой файл и установить метку dims для набора данных: 

In [420]: import h5py
In [421]: f = h5py.File('testdim.h5','w')
In [422]: ds = f.create_dataset('grp1/varname', data = np.arange(10))
In [423]: ds
Out[423]: <HDF5 dataset "varname": shape (10,), type "<i8">

Посмотрите наатрибут dims: 

In [424]: ds.dims
Out[424]: <Dimensions of HDF5 object at 140382697336904>
In [426]: ds.dims[0]
Out[426]: <"" dimension 0 of HDF5 dataset at 140382697336904>
In [427]: ds.dims[0].label
Out[427]: ''
In [428]: ds.dims[0].label = 'm'

In [436]: dd=ds.dims[0]
In [437]: dd?
Type:        DimensionProxy
String form: <"m" dimension 0 of HDF5 dataset at 140382697336904>
Length:      0
File:        ~/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/dims.py
Docstring:   Represents an HDF5 "dimension".
In [439]: dd.values()
Out[439]: []
In [440]: dd.label
Out[440]: 'm'

Группа не имеет dims: 

In [442]: g = f['grp1']
In [443]: g
Out[443]: <HDF5 group "/grp1" (1 members)>
In [444]: g.dims
AttributeError: 'Group' object has no attribute 'dims'

In [446]: f.flush()

С h5dump: 

1902:~/mypy$ h5dump testdim.h5 
HDF5 "testdim.h5" {
GROUP "/" {
   GROUP "grp1" {
      DATASET "varname" {
         DATATYPE  H5T_STD_I64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 10 ) / ( 10 ) }
         DATA {
         (0): 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9
         }
         ATTRIBUTE "DIMENSION_LABELS" {
            DATATYPE  H5T_STRING {
               STRSIZE H5T_VARIABLE;
               STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
               CSET H5T_CSET_ASCII;
               CTYPE H5T_C_S1;
            }
            DATASPACE  SIMPLE { ( 1 ) / ( 1 ) }
            DATA {
            (0): "m"
            }
         }
      }
   }
}
}

С ncdump, который предназначен для показа netcdf файлов: 

1902:~/mypy$ ncdump -h testdim.h5 
netcdf testdim {

group: grp1 {
  dimensions:
    phony_dim_0 = 10 ;
  variables:
    int64 varname(phony_dim_0) ;
        string varname:DIMENSION_LABELS = "m" ;
  } // group grp1
}

Насколько я понимаю, формат h5df не имеет групповых измерений;ncdump создает для этого фиктивный атрибут.

Чтобы повторить ответ на предыдущий вопрос, документация по размерам HDF5:

http://docs.h5py.org/en/latest/high/dims.html

https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/interoperability_hdf5.html

Для файла HDF5

Если шкалы измерений не используются, то netCDF-4 все еще может редактировать файл и изобретать анонимные размеры для каждой переменной формы.

NETCDF имеет общие размеры, HDF5 имеет размерные шкалы.Они не совсем одинаковые.

http://www.stcorp.nl/beat/documentation/harp/conventions/hdf5.html

В модели данных HDF5 отсутствует понятие общих измерений (в отличие от netCDF).Форма набора данных HDF5 указывается в виде списка длин измерений.Однако библиотека netCDF-4 использует HDF5 в качестве внутреннего хранилища.Он представляет общие размеры с использованием шкал размеров HDF5.

0 голосов
/ 25 октября 2018

Ваш вывод говорит, что первой меткой измерения набора данных varname является «m».Эти метки phony_dim_N просто содержат фактический размер каждого измерения, они не являются метками.

Что выводит print([dim.label for dim in fw['grp1/varname'].dims])?

...