Документация довольно устарела, схема предназначена для версии 2.4.
Однако вы можете использовать MySQL Workbench для ее построения: подключитесь к mysql Zabbix, затем Database -> Reverse Engineerи следуйте инструкциям.
Вот пример с моего сервера Zabbix 4.0:
