В инициализации LookAndFeel просто установите пустую границу:
UIManager.getDefaults().put("ScrollPane.border", BorderFactory.createEmptyBorder());
UIManager.getDefaults().put("Table.border", BorderFactory.createEmptyBorder());
Это повлияет на все объекты ScrollPane вокруг вашего приложения, если вы хотите изменить только один, используйте этот код:
jScrollPane.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder());
jTable.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder());
Если вы хотите сохранить границу верхней строки для заголовка, используйте MatteBorder :
BorderFactory.createMatteBorder(1, 0, 0, 0,Color.LIGHT_GRAY))//1 is top line, rest is empty