здесь некоторый код, написанный на python.На моей машине время работы не превышает 1 секунды:
from sklearn.neighbors import NearestNeighbors
import numpy as np
nn = NearestNeighbors(n_neighbors=5)
x = np.random.rand(100000, 3)
nn.fit(x)
test_sample = np.array([[0.5, 0.4, 0.3]])
nearest_neighbors_distances, nearest_neighbors_indices = nn.kneighbors(test_sample)