Ваши теги должны (должны?) Идти в заголовке вашей страницы.
Есть несколько исключений, но большую часть времени ваш CSS будет находиться во внешнем файле .css, который вы будете ссылать, как файлы .js, которые вы упоминаете. Порядок загрузки внешних сценариев может зависеть от их содержимого. Например, если вы используете плагины jQuery, вам нужно загрузить библиотеку jQuery до файла плагина.
PHP и HTML часто переплетаются в документе. В SO и других местах обсуждаются способы отображения HTML в PHP (например,
?> <!--html goes here--> <?php
или
echo '<p>This is my html</p>';
.. но я никогда не видел однозначного ответа ни на один из методов. Используйте то, что делает ваш файл разборчивым.