Лучше всего использовать профили сборки maven .
Например, используйте этот фрагмент в дочернем модуле:
<profiles>
<profile>
<id>only-in-child-module</id>
<activation>
<activeByDefault>false</activeByDefault>
</activation>
<build>
<plugins>
....
</plugins>
</build>
</profile>
</profiles>
Этот профиль сборки не будетактивен, если вы явно не спросите maven для этого как:
mvn clean install -Ponly-in-child-module