JSONassert - это популярная библиотека для сравнения объектов JSON.Если два файла идентичны (ключи и значения), он соответствует вашему варианту использования.
Пример использования org.apache.commons.io.IOUtils для чтения файлов:
String expected = IOUtils.toString(new File("/path/to/expected").toURI(), Charset.defaultCharset()));
String actual = IOUtils.toString(new File("/path/to/actual").toURI(), Charset.defaultCharset()));
JSONAssert.assertEquals(expected, actual, false);