Нет, это невозможно сделать только с помощью findBy.Вы должны либо написать функцию хранилища самостоятельно:
$repo->createQueryBuilder('e')
->andWhere('e.id_user_one = :user_id')
->orWhere('e.id_user_two = :user_id') // change to andWhere depending on your needs
->setParameter('user_id', 1)
->getQuery()->getResult();
, либо получить объекты двумя вызовами, а затем объединить результаты:
$collection1 = $repo->findBy(['id_user_one' => 1]);
$collection2 = $repo->findBy(['id_user_two' => 1]);
$collection3 = new ArrayCollection(
array_merge($collection1->toArray(), $collection2->toArray())
);
Для ваших пс: $result = $repo->findBy(['id_user_one' => 1, 'id_user_two' => 1]);