В моих тестах UIView и CALayer обеспечивают примерно одинаковый уровень производительности на iPhone. Как упоминает rpetrich в своем комментарии, UIViews - это тонкая оболочка для CALayers. На Mac CALayers намного легче, чем NSViews.
Как указывает Бен, вы можете выйти за пределы возможностей неявной анимации, работая напрямую с CALayers, даже предоставляя некоторые трехмерные эффекты через CATransform3D. Во многих случаях вы можете сделать это даже со стандартными представлениями, получив доступ к базовому слою (если представление поддерживается на уровне слоя).
Еще одна проблема - кроссплатформенный (Mac / iPhone) код. Приложение для моего iPhone использует интерфейс all-CALayer для своего основного представления в значительной степени потому, что я могу использовать точно такой же код для рисования этого интерфейса в его аналоге Mac. В качестве другого примера я приведу вас к Core Plot framework , который полностью рисует графики с использованием CALayers и работает как на Mac, так и на iPhone. Уровни CALay примерно одинаковы на обеих платформах, где UIView и NSView имеют очень разные интерфейсы.