Не видя файл мира, я не знаю наверняка, если это правильно в деталях, но я использовал следующее, чтобы добавить transform и CRS в растр после чтения в файл с файлом мира:
from affine import Affine
import rasterio.crs
a, d, b, e, c, f = np.loadtxt(world_filename) # order depends on convention
transform = Affine(a, b, c, d, e, f)
crs = rasterio.crs.CRS({"init": "epsg:4326"}) # or whatever CRS you know the image is in
with rasterio.open('/path/to/file.jpg') as src:
src.transform = transform
src.crs = crs