Разобрался.В манифесте имя по умолчанию = Windows.Universal
, поэтому добавляется
<Dependencies>
<TargetDeviceFamily Name="Windows.Desktop" MinVersion="xxxxxxxx" MaxVersionTested="xxxxxxxxxx" />
</Dependencies>
в приложение для настольного компьютера и
<Dependencies>
<TargetDeviceFamily Name="Windows.Xbox" MinVersion="xxxxxx" MaxVersionTested="xxxxxxx" />
</Dependencies>
в приложение для Xbox и при загрузке в devцентр устройства нацелены на правильные пакеты.