EF Core будет пытаться преобразовать миграции в SQL, и SQL будет работать.Поскольку схемы отличаются / не соответствуют ожидаемым, миграция завершится с ошибкой как исключение SQL, что приведет к возврату по цепочке к EF Core.(По сути, миграция завершится неудачно, и ничего не произойдет, поскольку все выполняется в транзакции, которая откатывается при сбое)