Ваши данные:
import pandas as pd
df=pd.DataFrame([[1,'p',10], [1,'r',5], [1,'p',9 ],
[2,'p',7 ], [2,'r',6 ], [2,'r',7 ]],
columns=['ID', 'ID2', 'var1'])
Вы можете сделать кросс-табуляцию:
df=pd.crosstab(df.ID, [df.ID2,df.var1], margins=True)
>>>df
ID2 p r All
var1 7 9 10 5 6 7
ID
1 0 1 1 1 0 0 3
2 1 0 0 0 1 1 3
All 1 1 1 1 1 1 6
Без полей:
pd.crosstab(df.ID, [df.ID2,df.var1])
ID2 p r
var1 7 9 10 5 6 7
ID
1 0 1 1 1 0 0
2 1 0 0 0 1 1