Pandoc позволяет выбрать движок PDF, используемый для конвертации.По умолчанию идет через LaTeX и pdflatex, HTML будет потерян.Однако есть и другие движки, использующие HTML: wkhtmltopdf, weasyprint и prince (prince не бесплатен).Например,
pandoc --pdf-engine=wkhtmltopdf …
Соответствующая программа должна быть установлена отдельно и в вашей переменной PATH.