Моим первым предположением было бы убедиться, что у большого многоугольника есть «дыры» / NoData, где встречаются меньшие многоугольники.Я постараюсь быть более ясным с примером из инструмента стирания ArcMap.То, что вы хотите, чтобы ваш большой многоугольник выглядел так: с синим галочком (с наложением, очевидно, с стиранием), я думаю, что ваш большой полигон в настоящее время выглядит так же, как и с красным галочком, в результате чего ваш растр будет состоять только избольшой полигон.Мои извинения, если я полностью неправ, тогда мы найдем другое решение.
Если это так (ваш большой многоугольник похож насиняя галочка), сжигание всех полигонов до 1 также может создать путаницу.Вы можете создать новое поле в своем шейп-файле (например, UID) и присвоить ему уникальный числовой идентификатор (он должен быть числовым).Вы можете растеризовать на основе нового поля, например:
gdal.RasterizeLayer(Output, [1], Shapefile_layer, options = ['ATTRIBUTE=UID'])