Замена каждой n-й строки в одном файле следующей строкой из другого файла в bash - PullRequest
Новая
       14

Замена каждой n-й строки в одном файле следующей строкой из другого файла в bash

0 голосов
/ 05 марта 2019

Я очень новичок в этом и понимаю, что подобные вопросы уже опубликованы, но я не могу понять, что мне нужно от них.У меня есть два файла.

Файл 1: 

1: Read 1
2: Sequence 1
3: +
4: Quality 1
5: Read 2
6: Sequence 2 
7: +
8: Quality 2
...

Файл 2: 

1: Sequence 1 edited
2: Sequence 2 edited
3: Sequence 3 edited
4: Sequence 4 edited
...

Начиная со строки 2 первого файла, мне нужно заменить каждый 4-йстрока со следующей строкой чтения во втором файле, поэтому результат будет выглядеть следующим образом: 

1: Read 1
2: Sequence 1 edited
3: +
4: Quality 1
5: Read 2
6: Sequence 2 edited 
7: +
8: Quality 2
...

До сих пор я использовал этот код, который, кажется, работает, но работает медленно как командаи мучительно, как сценарий оболочки: 

Counter=2
while read p; do echo $Counter; echo $p; 
    sed -i~ "${Counter}s/^.*/$p/" file 1; 
    Counter=$((Counter+4)); done < file 2

Я думаю, что я смогу сделать это с помощью awk, но я не уверен, как.Любая помощь или улучшения будут оценены!

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 05 марта 2019

Другое решение с использованием awk и paste 

awk ' { print "\n" $0 "\n" "\n" } ' file2.txt | 
     paste - file1.txt | awk -F"\t" ' {x=NR%4==2 ? $1 : $2; print x } '

с заданными входами 

$ cat cmswen1.txt
Read 1
Sequence 1
+
Quality 1
Read 2
Sequence 2
+
Quality 2

$ cat cmswen2.txt
Sequence 1 edited
Sequence 2 edited
Sequence 3 edited
Sequence 4 edited

$ awk ' { print "\n" $0 "\n" "\n" } ' cmswen2.txt | 
     paste - cmswen1.txt | awk -F"\t" ' {x=NR%4==2 ? $1 : $2; print x } '
Read 1
Sequence 1 edited
+
Quality 1
Read 2
Sequence 2 edited
+
Quality 2

Sequence 3 edited



Sequence 4 edited



$
0 голосов
/ 05 марта 2019

Предполагая, что номера строк приведены только для пояснения, а не включены в файлы, попробуйте следующее: 

awk 'NR==FNR {line[NR]=$0; next} {if (FNR%4==2) $0=line[++count]; print}' file2 file1

Вывод: 

Read 1
Sequence 1 edited
+
Quality 1
Read 2
Sequence 2 edited
+
Quality 2
...

[Пояснения]

  • Условие NR==FNR соответствует только при чтении file2 и сохраняет строки в массиве line по порядку.
  • Следующий оператор {if ...выполняется только при чтении file1.Если номер строки file1 равен 2 с модулем 4, строка заменяется содержимым массива line.
...