Разница, генерирующая изображение между .Rmd и .R - PullRequest
Новая
       50

Разница, генерирующая изображение между .Rmd и .R

0 голосов
/ 01 января 2019

Код ниже представляет собой полный файл .Rmd, который успешно генерирует файл .pdf с графиком температуры поверхности Ховмоллера.(Я прошу прощения за вставку всего файла, но он короткий, и я не уверен, что может быть причиной проблемы - хотя я полагаю, что это в последнем разделе кода.) Файл данных находится здесь: https://crudata.uea.ac.uk/cru/data/temperature/HadCRUT.4.6.0.0.median.nc

Когда я запускаю файл .Rmd, он, кажется, работает безупречно.Он генерирует файл .pdf размером 230 КБ, который содержит (довольно информативный) график Ховмоллера.Однако, если я помещаю код в файл .R (или запускаю его построчно из файла .Rmd), он все равно генерирует файл .pdf, но он пуст и выдает сообщение об ошибке, если я пытаюсь открыть его.

Кто-нибудь может сказать мне, почему это происходит? 

---
title: "Hovmoller plot - HadCRUT4 through November 2018"
author: "jbtg"
date: "January 1, 2019"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r warning=FALSE,message=FALSE}
library(maptools)
library(ncdf4)
library(raster)
library(rasterVis)
library(RColorBrewer)
library(zoo)
library(sf)
library(rgdal)
```

```{r}
#HADCRUT4 combined air temp/SST anomaly as of November 1, 2018
#read a 3D netCDF dataset
hadcrut4_path <- "C:/Users/jtene/Dropbox/!!!netcdf/Rmarkdown/"
hadcrut4_name <- "HadCRUT.4.6.0.0.median.nov18.nc"
hadcrut4_file <- paste0(hadcrut4_path,hadcrut4_name)
hadcrut4 <- brick(hadcrut4_file) #opens anomaly netCDF file (calls nc_open)
hadcrut4 #gives a summary of the file contents
print(c(filename(hadcrut4), hasValues(hadcrut4), inMemory(hadcrut4)))
```

Set up and produce the Hovmöller plot:

```{r}
#setup
idx <- seq(as.Date('1850-01-01'), as.Date('2018-11-01'), 'month')
idx <- as.yearmon(idx)
tmpplt <- setZ(hadcrut4, idx)
names(tmpplt) <- as.character(idx)

#plot
trellis.device('pdf', file = 'hov_hadcrut4.pdf')
hovmoller(tmpplt, dirXY=y,
      at = do.breaks(c(-3.5,3.5),14),
      contour = F, interpolate = F,
      par.settings=RdBuTheme(region=rev(brewer.pal(9,'RdBu'))),
      main="HadCRUT4 Anomalies 1850-2018 (1961-1990 base period)")
dev.off
```
...