Запустите скрипт оболочки из скрипта R на компьютере с Windows - PullRequest
Новая
       8

Запустите скрипт оболочки из скрипта R на компьютере с Windows

0 голосов
/ 05 марта 2019

У меня есть R-скрипт, в котором я вызываю скрипт оболочки с помощью системной команды и использую команду вставки для передачи аргументов скрипту оболочки (на Unix-машине), и теперь я хотел бы выполнить тот же R-скрипт в Windowsмашина и я пытаюсь заставить ее работать

Вот шаги, за которыми я следовал R code 

source('C:\\Users\\xxxx\\Documents\\R\\R-3.5.2\\ms\\ms\\MS_Config.R')


if(is.null(git_version) | git_version == "" | length(git_version) == 0){
    print('ERROR: EXECUTION STOPPED !!!')
    print('PLEASE SPECIFY GITHUB TAG_ID')
    stop()
}


print("test4444")
print(enable_data_pull)
print (getwd())


system(paste('C:\\Users\\xxxx\\Documents\\R\\R- 3.5.2\\ms\\ms\\MS_ALLM_Parallel_Runner.sh -c ', num_cores, 
         '-s ', snapshot_dt, 
         '-p ' , local_storage_path, 
         '-t ', tag, 
         '-g ', git_version,
         '-y ', enable_data_pull

))


print ("after shell script execution")

Я попробовал следующее, но не удалось

Установил Cygwin и вызвалrscript с терминала cygwin (переменная PATH обновлена, чтобы включить R и его двоичные файлы)

  1. rscript "C: \ Users \ xxxx \ Documents \ R \ R-3.5.2 \ ms \ ms \MS_Model_Kickoff.R "

Ниже приведено сообщение об ошибке, которое я вижу после того, как r-скрипт пытается запустить скрипт оболочки

« CreateProcess »не удалось запустить« C:\ Users \ xxxx \ DOCUME ~ 1 \ R \ R-35 ~ 1.2 \ ms \ ms \ CONRM_ ~ 1.SH -c 25 -s 201811 -p C: \ Users \ xxxx \ Documents \ Test -t Analytical -g verModelRefit2.2.2 -y N '

что означает вышеуказанная ошибка и как я могу это исправить и выполнить сценарий оболочкит из R-скрипта на машине windows?

...